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Aussi appelées guildes noires. Ce sont des guildes qui n'ont pas été approuvées par le conseil de la magie et sont considérées comme des organisations criminelles. Ces guildes sont généralement dédaigneuses envers les guildes légales qui suivent les règles imposées par le Conseil.

Il existe plusieurs types de guilde noires: les petites guildes faibles constituées de brigants ou de mercenaires, et des guildes extrêmements puissantes au nombre de quatre. Trois de ces quatre guildes forment d'ailleurs une alliance, l'Alliance de Baram. Celle-ci est constituée d'Oracion Seis, de Grimoire Heart et de Tartaros. Leur alliance ne leur sert pas à s'entre-aider en cas de besoin mais est un pacte de non-agression. Chacune de ces trois guildes possède son propre réseau de guildes noires qu'elle contrôle à sa guise et qui lui viennent en aide (lorsqu'elle a besoin d'effectifs supplémentaires par exemple).
La guilde Raven Tail est la seule exception des guildes clandestines : elle ne dirige pas de guildes, n'est pas dirigée non plus et se situe a priori au même niveau que les trois autres au niveau de la puissance.

Alliance de Baram

La guilde noire Eisen Wald s'emparera de la Lullaby (une flûte dont le son est mortel) pour tenter de tuer les maîtres de guildes lors de leur rassemblement.
En X778, le conseil magique décida d'interdire les requêtes de meurtres et Eisen Wald, dont l'activité entière reposait sur ces requêtes, devînt une guilde noire bien décidée à se venger.
La première vraie mission de la Team Natsu fût d'empêcher leur plan et Erza, Grey et Natsu parvînrent à vaincre sans trop de mal la flûte transformée en démon (démon créé par le mage noir Zeref lui-même).
Erigoal, le mage le plus puissant de la guilde, parvînt à s'échapper.
Eisen Wald était une petite guilde clandestine affiliée à Oracions Seis.

Oracion Seis est une guilde noire qui fait partie de l'alliance de Baram. Le but de cette guilde est de retrouver une magie perdue maléfique, le Nirvana, capable de changer la lumière (le bien) en ombre (le mal). avec cette magie, ils contaient changer la personnalité des membres de guildes officielles pour les entraîner à se battre les unes contre les autres et ainsi emmener le chaos.

Oracion Seis possède 6 membres extrêment puissants, presque invincibles lorsqu'ils se battent ensemble. Le maître de guilde est Brain, qui possède une seconde personnalité ultra-puissante, Zero. Tous les membres d'Oracion Seis ont des surnoms : Hot-Eye est le seul dont le véritable prénom est révêlé.

Une alliance inter-guildes officielles sera créée entre Fairy Tail, Lamia Scale, Cait Shelter et Blue Pegasus. Ensemble ils formeront la Light Team et parviendront finalement à détruire Oracion Seis.